მეორე ეტაპის არქეოლოგიური გათხრები ტარდება იმ შემთხვევაში, თუ არქეოლოგიური დაზვერვისა და შეფასების შედეგად, საპროექტო ტერიტორიაზე გამოჩნდა არქეოლოგიური ნაშთების არსებობის შესაძლებლობა; ამ ტიპის გათხრებისთვის საჭიროა ოფიციალური ნებართვა და მათ ფარგლებში უნდა დადასტურდეს  – საპროექტო ტერიტორიაზე რეალურად არსებობს თუ არა ძეგლები.